很多單位的中心空調在運行中會出現各種問題，分析起來，相當一部分是由于設計部門設計不合理，甚至設計錯誤導致的。常見的不合理設計問題有以下幾點：
中央空調冷水機組水處理注意事項
1、為了防垢，在水處理系統中設計了磁水器
磁水器的種類和名目繁多，有的稱為電子除垢儀、高頻水改儀等等，總之都是使水分子得到磁化，而極化的水分子具有極強的電負性，吸引鈣、鎂離子，從而延緩結垢時間，達到防垢的目的。具有極強的電負性的水分子也能剝蝕水垢和銹垢。因此有的廠家講產品具有防垢、防腐、除垢、除銹的作用。的確，磁水器具有一定的上述這些正面作用。但是，假如對磁水器的安裝數量及安裝位置設計的不合理時，它會對水系統產生嚴重腐蝕，它的這種負面作用遠遠大于正面作用。對空調設備及水系統造成嚴重的危害。
2、最好不采用軟化水做中心空調的補水
1987年發現鈉離子交換再生廢液對地下水造成永久性污染。在北京市每制一噸軟化水就需要向地下排放2~5公斤食鹽。由于低壓鍋爐水質標準GB1576的規定，幾乎所有的工業鍋爐都采用了軟化水作為鍋爐給水，北京市有9000多鍋爐房，其中上規模的鍋爐房就有2800多，每年要往地下排幾十萬噸食鹽，造成了地下水永久性污染，導致人類患高血壓、心臟病，癌癥機率的增加等。后果十分可怕，美國己經限制使用鈉離子交換器。
3、應在冷卻水系統中安裝立式除污器
目前全國各地的冷水機組中央空調所安裝的除污器都是倒Y字型的，裝在空調機組入口前的立管上，這種倒Y字型在立管上的除污器，只能捕捉設備運行初期的建筑垃圾，防止這些垃圾進入冷凝器。但是，這種倒Y字型的除污器不能在日常運行中捕捉細小水垢和銹垢，因此會引起冷凝器積垢，積泥和其它雜質。
正確的作法是在冷凝器的入水口前，安裝一臺立式除污器，將冷卻水系統中的各種雜質截留在除污器中。
4、在空調機冷卻水和冷凍水的出水側設計快速排污閥
目前很多單位的中心空調冷卻水端板或冷凍水端板處都沒有安裝快速排污閥，部分單位還用封堵塞住了這些排污口，其實這種做法是很錯誤的，易使空調機內積泥積雜質，影響熱交換效率，還導致冷凝器一年一度的定期清洗。杭州空調維修服務中心專業清洗空調。
正確的作法是對冷卻水系統每周從冷凝器出水口側按“三開、三關法”排污2~3次，對冷凍水系統應每周按此法排污一次。
5、在冷卻塔補水管上和冷凍水補水箱的補水管上各安裝一塊自來水水表。
目前相當一部分中心空調的冷卻水和冷凍水補水管上沒有安裝自來水水表，使得用戶不知道系統中共有多少水，也不知道每日補多少噸水，為運行治理帶來了很多麻煩。因為中心空調水處理一般采用藥劑處理，必須按補水量和系統水量投藥，因此這二塊水表在設計上是不能少的。

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